Elitna postrojba G.I. Joe u ovom se nastavku bori protiv svojih starih neprijatelja, organizacije Cobra, ali se moraju suočiti i s prijetnjama iz vlade koje bi mogle ugroziti samo njihovo postojanje...
Radnja filma smještena je u blisku budućnost, a elitna jedinica G.I. Joe koristi najnoviju špijunsku i vojnu tehnologiju kako bi zaustavili krijumčara oružjem Destroa i rastuću prijetnju misteriozne organizacije Cobra koja svijet namjerava pretvoriti u kaos. Dvojica prijatelja, Duke i Ripcord...
Ruske i britanske podmornice s nuklearnim raketama obje netragom nestaju. Engleska i Rusija međusobno se krive dok James Bond pokušava riješiti zagonetku brodova koji nestaju. Ali KGB također ima agenta na slučaju.